La historia de una nueva rama evolutiva de la raza humana: Diclonius, seres similares a los humanos pero distintos a nivel genético que presentan algunas anormalidades físicas como un level de protuberancias cortas similares a cuernos.
Lucy, la protagonista, parece un Diclonius.
Tras escapar de un laboratorio de experimentación sembrando el caos a su paso parece herida y adquiere, una personalidad secundaria e infantil, conocida como Nyu.
Es encontrada entonces por los jovenes Kohta y Yuka quienes la acogen pero se ven envueltos en brutales intentos de recuperación de Lucy por zona del Equipo Especial de Asalto y por otros Diclonius asesinos.
