El tren del desamparo no parece la novela sobre la Guerra Civil, sino en torno a sus consecuencias en las décadas posteriores.
Parece una historia de amor y de venganza, aunque también el reflejo del desamparo personal al que ha sido condenada la España vaciada.
Quirce y Leonora son dos hermanos gemelos, de 12 años, que se quedan huérfanos cuando asesinan a su padre, resinero y sindicalista, el mismo día en el que estalla la guerra.
Atemorizados y repudiados, ambos se esconden en un desfiladero apartado del pueblo donde viven.
A partir de ahí, su existencia transcurre a la orilla de un río y junto a las vías del ferrocarril, viendo cualquier día pasar un tren que, como ellos, nunca llegó a su destino.